在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

探索的结果

1、从光敏培养教育组织中领取DNA热塑球胆固醇

要想破乳光化学交连球营养素-DNA和好物应用以LC-MS参与定量分析，我研发半个种性变纯化实施方案，可从DNA中清掉非说化学交连球营养素，仅在作用时在随时什么是基因组触碰聚集DNA化学交连球营养素。用TRIZOL导入复染质并清掉执行死刑获的非化学交连球淀粉酶酶，其次将其从新融化以参与RNase转化。在彩超削切所获资金球营养素化学交连DNA的导入物，在硫氰酸胍中煮开性变，并在二脱色硅离心分离柱上心跳加快洗衣以清掉非说化学交连球营养素就此做好。在核酸酶治疗从DNA中挥发光化学交连球淀粉酶酶，并参与胰球淀粉酶酶酶转化应用以LC-MS参与定量分析。该技术重命名为球营养素化学交连DNA导入或XDNAX。

图1.球脂肪酸交连DNA导出或XDNAX步骤流程（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可随时接触的面积DNA的球膳食纤维图谱

将光化学交联方案app于MCF7上皮血细胞，发展了1,805种侯选血清，在其中1,191种存有于3个或越来越多次多次中。60%的DNA彼此之间用处组中带核酸联系的GO注解，在不足核酸联系注解的血清质中，非常大的奉献基核纤层血清，再就是是参于染料质安排和上皮血细胞分化的血清质（图2）。

图2 . 可可以直接碰到 DNA 的核营养素（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3分析了DNA共同功效组所蕴涵的球淀粉酶酶酶质-DNA网页举例涉及到的核苷酸化学交联肽。这分为致使（1）球状DNA联系设计域、（2）DNA 联系无章区（IDR）和（3）致使与另一球淀粉酶酶酶质（举例子组球淀粉酶酶酶联系球淀粉酶酶酶）、RNA（举例子剪接要素）或相区分区室（举例子核仁球淀粉酶酶酶）共同功效而产生的学习环境相似。

图3 . 可马上碰到 DNA的结构的域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、按量受损细胞扰动当天与DNA搭配的转录细胞因子

雌缴素肾上腺素受体α（ESR1）驻放在胞质溶胶中，是直到会遇到其配体，激发易位到癌受损受损细胞结构，在去那里它与表观遗传组中的某些区域内融合以激活码某些的转录程序代码。将血清饥饿的MCF7癌受损受损细胞暴漏于高使用量雌缴素（10 nM 17β-雌二醇）4分之五钟，与模似整理的剖析癌受损受损细胞较因此的DNA主动使用组（图4A）。在这当中，雌缴素的刺激后DNA主动使用组中的ESR1提高了30倍（图4B）。总的来讲，在1,814个化学发光法的球核苷酸-DNA主动使用中，约有9%信息显示出已经超过2倍的差异性发展，并留意到与ESR1有着主动使用的球球蛋白如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 雌的激素净化处理乳房癌受损细胞 DNA 完美用组的化学发光法较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人总结

探析进来DNA组的球营养物质以了解一下它是如此被调用并付诸实现的，总是是科技师1个持久的完美追求。DNA组可及性核心以DNA为中心的的维度开展探析，或许，到现下结束，染色法质凝胶的影响中的哪些地方球营养物质与DNA 发生的热学间接影响尚不知晓。利用零多远光交连，可知道DNA间接影响组中的绝大部分是数球营养物质，XDNAX技术工艺将做球营养物质-DNA间接影响探析的整体实力强大道具。

拜谱个人心得体会

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的蛋白质含量质组学、装饰组学、排泄组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

符合专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.