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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已出现出常见的菌物活性酶，有抗淋巴肿瘤和抵抗毒能力。普通，三萜是使用甲羟戊酸经过结合的，并从本身沉水植物和真菌孢子中添加。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发稿了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的深入分析探讨整形论文。该深入分析探讨发现了三萜类有机物虫草酸（GA）是依据液塑造的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的动物流量转化诞生的。采用转录组和核血清组学科技进每一步探究无柄虫草菌丝体中DHT诞生两种类型虫草酸（GA）的制度，并结合多个学科技查测到的差别的人类基因和差别的核血清，推断DHT 动物生成 GA 的路径。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录成分析和基本功能几大类

使用对无柄虫草真菌孢子菌丝体参与转录组测序共赢得67230个转录本和14295个单染色体。在这样单染色体中，49两个被评定为不同表答染色体（DEGs），这这其中213个表答调涨，279个表答再降（图1A）。GO聚集具体解析后，DEGs有生物技术的历程（BP）、组织化学物质（CC）和氧分子实用功能（MF）3类。在BP分类中，产生了前八个子分类：抗菌药细化分解细胞系分解细胞细胞分泌转化的历程，乙酸盐分解细胞系分解细胞细胞分泌转化的历程和甲酸盐分解细胞系分解细胞细胞分泌转化的历程 ;而在CC分类中，组织外区、突触软型体、突触结构设计是前八个亚类。相对MF分类，甲酸脱氢酶（NAD）抗逆性、空气氧化恢复酶抗逆性和酸氨（或酰胺）衔接酶抗逆性是前八个亚分类（图1B）。在DEGs的KEGG径路具体解析中，前30条聚集度更高的径路含有27条算是分解细胞系分解细胞细胞分泌转化，这这其中甲烷气体分解细胞系分解细胞细胞分泌转化、乙醛酸盐和二羧酸盐分解细胞系分解细胞细胞分泌转化、丙酸盐分解细胞系分解细胞细胞分泌转化移动信号径路为显著聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和功能表几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄灵芝粉真菌感染菌丝体去淀粉酶质组学分折，共计判别了16,457种独家肽、2606种淀粉酶质和2588种按量淀粉酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的筛分能力下，这2606种淀粉酶质中，94种被鉴别为对比把你想表达出来方法淀粉酶（DEPs），各举52种上浮，42种再降（图2A），图2C提示了对比把你想表达出来方法淀粉酶的聚类剖析分折热图。从GO分折来说，BP品目提示，绝大普遍数DEPs参于醋酸钠盐拆解排泄步骤中、四环素拆解拆解排泄步骤中和类药物拆解拆解排泄步骤中。CC类DEPs在神经元系核外区、过空气氮化合物酶体和微体中覆盖率最好，空气氧化物回归酶活力和甲酸脱氢酶（NAD）活力在MF类中DEPs的身材比例最好（图2B）。与转录组没想到类似的，KEGG径路分折提示，大多数DEPs在拆解排泄中丰度，各举3条最丰度的渠道是光合海洋生物学中的碳放置、碳拆解排泄和MAPK信息径路（图2D）。因此，能够分折GO信息库的CC对DEPs去亚神经元系核职位定位分折和注音（图2E），DEPs首要地域分布在神经元系核质（40.66%）、神经元系核膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），方法论上是GAs海洋生物学合成图片的首要职位。

图2|血清质组的按量深入分析和效果证实

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

谋生物导出和参考组侯选人DEGs和DEPs制作而成了维恩图，有20个距离形容人类遗传表观遗传（图3A）。对转录组和球氨基酸酶质组中E组和C组通用的DEGs/DEPs确定聚类算法数据数据分析，出现mRNA和球氨基酸酶质中有1五个上涨人类遗传表观遗传和五个调整人类遗传表观遗传，DEGs和全文翻译的DEPs形容层次呈正涉及到的，体系结构Pearson的涉及到的因子数据数据分析，在转录组和球氨基酸酶质组中检验到对应较高的涉及到的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）查重可是屏幕上显示，E组和C组14个DEGs的理解出来级别一定的差异强势，之中9个为调涨DEGs，6个为下降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的理解出来发展趋势与转录类物质析可是同一。

图3|淀粉酶质组的酶联免疫法具体分析和功效安全验证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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